When the Shadow Angels invade after 12,000 years of slumber, humanity is held captive by fear and sheer alien dominance. Eleven years after the Great Catastrophe decimated the world, most of those left alive are scavengers, dirty and starving in the streets.

There is hope, however - Mechanical Angel Aquarion!

A rare breed of pilot takes the controls, powered by three souls intertwined. Known as Elements, one among them must rise if mankind is to survive. Prophecy is being fulfilled as the end of the world approaches... Through a swirling cloud of love, betrayal, loss and destiny, the last hope for the new century arrives and takes flight!

创圣记0011年，地球发生了一场大异变。南极的冰层溶解，原本在1万2千年前被毁灭的亚特兰迪亚浮现，长着羽翼的民族坠天翅族苏醒。坠天翅族拥有超过人类的高度智能与特殊力量。1万2千年前他们在亚特兰迪亚建立起高度的文明，对他们称为无翼者的人类肆意捕杀。然而人类也没有放弃反击的机会，自海底遗迹挖掘出在“创圣之书”中，传说的兵器——3架古文明的战斗机Vector Machine，借由不同的组合的变形、合体。Vector Machine可化成不同形态的人形兵器机械天使。当时坠天翅族最强的守护天翅阿波罗尼亚斯，便是与人类靠着机械天使的力量，将原本优势占尽的坠天翅族逼进灭亡的深渊，为了与坠天翅族对抗，新联合国设立了地球再生机构—DEAVA，负责运用机械天使。因此，一群拥有特殊能力的少男少女被召集起来，训练成为机械天使的驾驶员。

Når Shadow Angels invadere efter 12 tusind år af slummer, er menneskeheden holdt fanget af frygt og ren og skær fremmed dominans. Elleve år efter den store katastrofe decimeret verden, de fleste af dem, der forlod i live er skraldemanden, beskidte og sultende i gaderne.

Der er håb, men - Mekanisk Angel Aquarion!

En sjælden race af pilot tager kontrollen, drevet af tre sjæle sammenflettede. Kendt som Elements, én blandt dem må stige, hvis menneskeheden skal overleve. Profeti bliver opfyldt, da verdens ende nærmer sig ... Gennem en hvirvlende sky af kærlighed, forræderi, tab og skæbne, det sidste håb for det nye århundrede ankommer og tager flyvning!

12000 ans après la guerre qui opposa les anges déchus à l'humanité, les survivants humains tentent d'affronter à nouveau leur némésis. Pour cela, ils utilisent des vectors, des vaisseaux de combats qui, en fusionnant, forment l'Aquarion, la seule arme capable de vaincre les anges. C'est dans ce contexte que Silvia, la supposée réincarnation de Céliane, la grande combattante pour l'humanité dans la précédente guerre, et pilote des vectors rencontre Apollo, un jeune garçon semblant être la réincarnation d'Apollonius, le seul ange déchu à s'être battu contre les siens pour aider les humains et sa bien-aimée Céliane.

創聖紀0011年の地球。11年前の大異変により人類は既にその人口の2/3を失っていた。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ堕天翅族が蘇った。彼らは高度な科学で作り上げた生物機械兵器神話獣を次々と人類の都市に送り込み人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。異変後に、特殊機関“地球再生機構ディーバ（DEAVA）”が設立された。そのエレメント候補生リーナは、アトランディアの勇者“太陽の翼”の復活を予言する。人類は反撃を期して海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、機械天使アクエリオンが姿を現す。

Odległa przyszłość. Po dwunastu tysiącach lat nieobecności powróciły Anioły Cienia. Tajemnicze istoty porywają ludzi i kradną z nich energię życiową. Jedyną bronią ludzkości przeciw najeźdzcy są trzy roboty, które razem tworzą potężną broń zwaną Aquarionem. Za sterami tego mecha zasiada trójka pilotów posiadających nadprzyrodzone zdolności.