日本の各地を旅する少年・月島シンは、立ち寄った伊豆で少女・河津ユノと運命的な出会いをする。それが引き金となり、ユノが持つ書物『創勢の書』が異変を起こした結果、ソーラーアクエリオンとアクエリオンEVOLが伊豆に出現する。事態を把握できないまま、ディーバのエレメントたちとネオ・ディーバのエレメントたちはお互いを敵と認識し、戦い始めてしまう。