L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.

La versione integrale del film termina con il matrimonio di Kodai con la sua innamorata storica Yuki, e la conseguente "consumazione" del matrimonio.