本片将会有更多宫庙文化的面向，「小真」将面临到更复杂的人性问题。

具有通靈能力的少女小真繼續在她的學校課業與通靈工作中奮鬥。在《通靈少女2》將會看到在去年的悲劇之後，小真如何重新打起精神回到學校。當新的戲劇部社長登場後，小真開始幫忙招募社團新生，但他們的新社員，可愛的菜鳥張宇軒跟講話輕柔的詹曉彤，似乎不如想像中的單純。另一方面，在宮廟中，金老師的家族秘密繼續困擾著他並讓事情複雜化。