2006年10月到2007年1月，全13集的魔法少女动画在BS放送WOWOW的非加密时段播出。这是该系列的第二部作品。主人公是天生就能使用魔法的小学五年级少女——岩仓砂沙美。她在学校所属的俱乐部是一个由魔女世界派来的特使担任顾问的料理俱乐部，而俱乐部里的少女们全都是魔法少女，因此被称为“魔法少女俱乐部”。第二季讲述了在魔法世界的魔法少女大会上团结一致的五名少女之后的故事。砂沙美和料理俱乐部的伙伴们——篠原美纱绪、穗积真琴、高峰司、美杉杏莉——这次将参加魔法世界的集训。在那里，她们了解到魔女与人类之间悲伤的历史，导致砂沙美和她最亲密的朋友美纱绪之间产生了裂痕。而这裂痕最终引发了巨大的灾难……