Two NetNavis known as Zoanoroids are at war on the internet, one praising the lion Gregar (Zoano VineMan) and the other worshipping falcon Falzar (Zoano SparkMan). The Zoanoroids claim to descend from a world called "Beyondard." As they battle, MegaMan and ProtoMan intervene. Meanwhile, Roll takes care of the infant NetNavi who MegaMan decides to name "Trill."

泡泡人捡到的婴儿网路领航员能让洛克人兽化,当光博士还在研究这件事时，兽裔兵又出现了，而且分成两派战斗著,还与前往处理的洛克人等人发生战斗,虽然好不容易打败了兽化後的兽裔兵，却还是完全不知道他们的目的…

科学省とIPCに同時にアタックが仕掛けられたという連絡が入り、現場へと急ぐロックマン、サーチマン、ブルース。赤ん坊ナビはロールに預けられるが、赤ん坊ナビはロックマンにしか懐かず泣くばかりで困り果てるロールたち。科学省のサイバーワールドに現れたのはスパークマン、IPCに現れたのはプラントマンだった。

驚くロックマン達だが、スパークマンとプラントマンは獣の姿に変身し、ロックマンたちに襲い掛かってきた。