Iris transports Trill away from her PET to somewhere in Beyondard where DarkMan cannot take him. Meanwhile, the children awaken in Beyondard, a world where both human and cyber worlds are one, and NetNavis and viruses can interact with humans directly. Maylu and Chaud reunite, as do Dingo and Raika, but Lan is left alone. He encounters Baryl and Colonel; they are Beyondard alternates of their original bodies and do not know Lan. When Zoano SnakeMan appears searching for Trill, MegaMan substantiates and defeats him.

热斗等人被连接彼方世界的次元裂缝吸进去了。彼方世界，那是一个现实空间与电脑空间交错的神奇世界。拯救遭到实体化病毒攻击的热斗的竟然是巴雷尔上校。热斗很高兴见到了熟人，巴雷尔却像是第一次见到热斗似的。与巴雷尔并肩战斗的卡尼尔也不同於以往认识的卡尼尔，洛克人为他的冷酷感到不解。这个时候兽裔眼镜蛇人为了抓走托里尔袭击而来。

ビヨンダードへと通じる空間の裂け目に吸い込まれてしまった熱斗たち。ビヨンダード、そこは現実空間と電脳空間が交じり合った不思議な世界だった。実体化したウイルスに襲われそうになった熱斗を救ったのはバレル大佐だった。熱斗は再会を喜ぶが、バレルは熱斗とは初対面だとそっけない態度を取る。バレルと共に戦うカーネルも熱斗やロックマンの知るカーネルとは別存在らしく、その冷徹さに戸惑うロックマン。そこにゾアノスネークマンがトリルを狙って襲撃してきた。