Zoano LarkMan is sent to help GateMan, and he turns his attention to Iris who has appeared on the ship with Lan. Meanwhile, Beast-MegaMan continues battling GateMan until the Zoanoroid is eventually deleted. As LarkMan prepares to defeat Lan and Iris, Chaud arrives on the scene and battles with the Zoanoroid using CrossFusion. Thus, everyone is saved, and Dr. Hikari and Maylu are returned from the depths of the ocean.

再度兽化而失控的洛克人在深海艇的系统内追逐兽裔闸门人并且造成破坏。热斗等人束手无策。这时候为了解救兽裔闸门人，新的兽裔兵-燕子人出现了。燕子人注意到兽化洛克人旁的少女领航员很可疑。於是兽裔燕子人实体化，攻击那名领航员的使用者-艾莉丝。热斗跟艾莉丝一起躲进了船内。在混乱的情况中，无法控制的深海艇裏面有祐一郎和美露在等待救援。

みたび獣化し、暴走したロックマンは深海艇のシステム内でゾアノゲートマンを追って暴れ回る。途方にくれる熱斗。そこにゾアノゲートマンを助けるため、新たなゾアノロイド・スワローマンが現れた。ゾアノスワローマンは獣化したロックマンの近くにいた少女ナビに気づき、怪しいと睨む。そのナビのオペレーター・アイリスを狙って実体化し、アイリスに襲いかかるゾアノスワローマン。熱斗はアイリスと共に船内を逃げまどう。そんな混乱の中、制御不能となった深海艇では祐一朗とメイルが助けを待っていた。