Duo begins to erase the Earth, and in order to stop him, all thirteen CrossFusion Members must join together. However, Baryl has already died. Dr. Wily of the past works with Dr. Wily of the future to send Baryl through time and space using the Spectrum program. Once Baryl arrives in Lan's time, he receives a SynchroChip and uses CrossFusion to help his allies take down another invasion of Asteroids.

デューオの彗星は地球抹殺プログラムを発動させた。それを止めるにはデューオの紋章13個を集めなくてはならない。だがバレルは既に死亡しており回収は不可能だ。熱斗と炎山は、バレルの紋章の手がかりになるものはないかとバレルが生前住んでいたマンションを訪れる。その部屋で二人はドクターワイリーと出会う。過去の出来事を語るワイリー。バレルは未来のために、命も顧みず熱斗達のいる現代へと飛ぼうとしていた。