MegaMan has startling dreams where he murders his NetNavi friends, and he becomes nervous when he learns his friends were injured the night before. Though MegaMan's system tests normal, MegaMan begins causing mischief, leading to his eventual arrest. After an emotional separation, Lan realizes that he isn't MegaMan, and the NetNavi unveils himself as Dark MegaMan. The real MegaMan has been captured by Darkloids CosmoMan, LarkMan, BlizzardMan, and CloudMan. Ms. Yuri helps Lan rescue his NetNavi, and ShadowMan even reappears to assist. The Darkloids thus escape.

萝露等领航员突然受袭，证据显示乃洛克人所为，令热斗一时间摸不头脑，经一番查究，发现原来乃洛克人的共同体「黑暗洛克人」的杰作，目的是要消灭洛克人。黑暗.雅和百合子救出被困的洛克人，造就一场洛克人对黑暗洛克人的决战，结果双方旗鼓相当，打成平手。事件过后，一切回復平静，但黑暗洛克人仍在暗角冷笑，准备捲土重来….

自分の手で仲間たちをデリートする、という悪夢を見たというロックマン。心配になった熱斗はロックマンを科学省で検査してもらうことにする。科学省にはメイルたちも来ていた。ロールやアイスマンが昨夜何者かに襲われ、デリート寸前の姿で発見されたというのだ。ロックマンの検査結果は異常なしと聞き安心する熱斗だが、その後のロックマンに不審な行動が見られるようになる。「熱斗のため」という大義名分で悪事を働くようになったのだ。ロックマンの悪事はエスカレートし、遂には警察に逮捕される事態となる。