Through Chaud's research, he knows more information regarding Colonel and his NetOp Baryl.[1] Meanwhile, a shift in time and space revives ShadeMan moments before LaserMan deleted him in Axess. He fights with Lan and Chaud, and Ms. Yuri helps, revealing that she, too, has a Crest of Duo. ShadeMan reunites with BubbleMan and begins their latest scheme to travel twenty years into the past, before the network was created, and overrun the world with Darkloids. MegaMan attempts to stop him but fails, receiving a painful bite on the neck as he falls.

早被删除的黑暗机器生命体阴影人透过过去隧道重生，来到现世，以强悍的战斗力力压洛克人和布鲁斯之余还令野兽人及闪光人吃尽苦头。热斗之父祐一郎想出「返回过去」之法来解决此事，遂安排洛克人和布鲁斯返回二十年前的世界，但这时阴影人出现，挟持洛克人和布鲁斯，齐齐进入了过去世界…

秋原町に突如シェードマンが現れ、街を破壊しはじめた。過去、レーザーマンによって倒されたはずなのに何故、といぶかしがる熱斗たち。祐一朗は時空の歪みが発生した影響ではないかと推測する。クロスフュージョンしてシェードマンと戦う熱斗と炎山、そして二人を助けるゆりこ。祐一朗は時空の歪みの謎を解明するため、ロックマンとブルースを過去のサイバーワールドへ送り込むことを提案する。