ギガノイド・時計の力で江戸時代にタイムスリップさせられてしまった凌駕たち。一方、リジェたちは凌駕たちが過去で歴史を変えてしまい、自分たちが壊滅させられてしまうと大騒ぎ。慌てて江戸時代に追っ手を差し向ける。一人現代に取り残されたアスカは、爆竜ディメノコドンを取り戻すため、ジャンヌに必死の戦いを挑む。