Timmy wants to become friends with Jimmy Neutron. While they are friends, they battle each other's enemies, and they create a new villian that they don't like. So they abandon him, but that makes him super evil now, and he takes Cosmo and Wanda's wands and Jimmy's brains. Now it's up to Jimmy and Timmy to solve the problem they got into.

Jimmy ripara il suo portale interdimensionale e osserva le altre dimensioni tra le quali quella di Timmy. Timmy cerca di giocare con Chester, ma lui è impegnato a costruire per suo padre un gabinetto. Allora va da A.J. che però in quel momento si sta ibernando, perché stanco di essere l'unico genio della città, così decide di risvegliarsi nel XIV Secolo allo scopo di trovarsi con persone intelligenti quanto lui. Timmy allora decide di andare a Retroville per trovare Cindy ma, essendo in vacanza, ripiega su Jimmy. Timmy propone a Jimmy di andare nella sua dimensione per combattere alcuni nemici di Timmy dove Jimmy diventa Brain Boy.