The Raimon's brainwashed members came back to the soccer club. There is also a new member called Nanobana Kinako, who said she's Raimon's ace striker as she won a striker battle against Tsurugi. Shindou showed his ability to mixi max with Nobunaga, which surprised Raimon's members. Daisuke said that they should take the aura from Jeanne d'Arc. The next morning, Kariya said that Kirino was jealous on Shindou because he had a Keshin, can use Keshin Armed and can use Mixi Max. Daisuke selected eleven members of Raimon, but Kirino wasn't. Kariya offered his place to Kirino and Raimon went to Jeanne's era, at 1427. Zanak Abalonic escaped from the Eternal Prison. He met Protocol Omega 3.0 at Jeanne d'Arc's era, beat them and took control over them.

En Riccardo per fi ha aconseguit la seva armadura d'esperit guerrer i ha absorbit l'aura d'en Nobunaga per convertir-se en el creador de joc que l'equip necessita amb urgència. Han derrotat el Protocol Omega 2.0, i tot i que no han pogut recuperar l'entrenador Evans, sí que han aconseguit desfer el control mental que exercien sobre l'equip del Raimon i que els va prendre l'amor pel futbol. Però quan en Gabi es troba amb el nou Riccardo, sent enveja. Llavors apareix una noia anomenada Goldie Lemmon, que l'equip no havia vist mai abans, i descobreixen qui és el següent jugador que han d'anar a buscar per seguir completant l'equip més potent de tota la història: un defensa carismàtic que reuneix tot el valor de l'equip i el converteix en una muralla infranquejable. Però mentre es preparen per tornar a viatjar en el temps per trobar aquesta persona, passa una cosa del tot inesperada...

化身アームド、そして信長の力を身に着け、ゲームメーカーとしてひとまわり成長した神童。円堂監督を取り戻すことはできなかったが、プロトコル・オメガ2.0に勝利したことで仲間たちの洗脳は解かれ、元のサッカーが大好きな雷門イレブンの姿を取り戻す。しかし霧野は成長した神童の姿を見て嫉妬にも似た感情を抱き思い悩んでいた。そんな折、天馬たちの前に菜花黄名子という見知らぬ少女が現れる…。一方、時空最強イレブンの次なる力――仲間の勇気を奮い立たせ、鉄壁の守りに変えるカリスマディフェンダーを求め、ふたたび時空を越えることになった天馬たちを、ある不思議な事件が襲う――。