Matsukaze Tenma, along with the members of the Raimon team, now aim to free soccer so that everyone can finally play soccer freely without being ordered how to do it.

The rebellion starts against Fifth Sector, in this dark midst of times, the Raimon team will not go alone in this rebellion. With some unexpected help from the Resistance organization that aims to replace the Holy Emperor and with some help from the previous main characters of the Inazuma Eleven anime.

Fa deu anys que l'Inazuma Japó va guanyar el Futbol Frontier Internacional i ara, al Japó, les coses han canviat. Una organització anomenada Cinquè Sector ha absorbit el món del futbol i l'ha fet entrar en una època obscura on ha perdut qualsevol sentit de l'esportivitat i esperit de resistència. L'Arion Sherwind, alumne de primer curs del Raimon, juntament amb l'entrenador Mark Evans, marcarà l'inici d'una nova era, en una cursa contra el temps amb l'objectiu de recuperar l'autèntic significat del futbol.

历经圆堂守时代后，雷门中学已成为足球强豪而产生许多名选手。但在世界赛的十年后，日本足球已被叫作第五部门的组织控制而不能自由踢球，就在这个困境下，一名从小崇拜圆堂的雷门十一人的少年‧松风天马也追寻着前辈的足迹进入雷门中学并且在面对第五组织的迫害下，要和圆堂守及神童、雾野及西园等人一起带领雷门足球队消灭第五部门的掌控。

前作主角・圓堂守所率領的日本代表隊「日本閃電十一人隊」在FFI（Football Frontier International）世界大賽獲得優勝的10年後、一位最喜歡足球的少年・松風天馬因為憧憬閃電十一人、以及用過足球救他的閃電標誌，所以着進入雷門中學、而加入雷門足球部。不過那時受到社會高度評價而且人材輩出的足球隊卻已經消失、而讓足球完全腐敗了。不知為何、全國足球被叫作｢第五部門｣的組織所控制、如果不依照他們的指示踢球就不能比賽。而｢第五部門｣的種子選手(被京介稱之為種子)・劍城京介只以一人之力就將整個雷門足球部打得遍體鱗傷。於是他們為了找回十年前的足球精神、新雷門十一人們將要和成為雷門足球部教練的圓堂一起共同奮戰......！

Dix ans après la victoire d’Inazuma Japon au Football Frontier International le football a pris une grande importance dans tout le pays. Mais il est maintenant contrôlé par le mystérieux Cinquième secteur. Arion Sherwind, un jeune garçon passionné de football, fait sa rentrée au collège Raimon. Il est bien décidé à intégrer le prestigieux club de Raimon! Mais Victor Blade, un mystérieux jeune garçon se dresse sur sa route. Envoyé par le Cinquième secteur, il vient défier l’équipe du Collège Raimon dont le but est de remplacer l’équipe actuelle par la sienne. Riccardo Di Rigo, le capitaine de l'équipe principale et ses coéquipiers accepte de relever le défi ! Avec l’aide d’Arion et des coachs Percy Travis et Mark Evans, il va tout mettre en œuvre pour protéger son équipe et son école des attaques du Cinquième Secteur.

Po 10 latach od zdobycia przez drużynę Inazuma pucharu FFI, rozgrywki w Japonii bardzo się zmieniły. Zawładnęła nimi tajemnicza organizacja „Piąty Sektor”. Arion Sherwind, próbuje dostać się do piłkarskiego klubu w gimnazjum Raimona, ale uświadamia sobie, że obecna gra znacznie różni się od jego wyobrażeń. Arion Sherwind razem z członkami drużyny Raimon chce przywrócić dawne zasady gry.

Han pasado 10 años después de que Inazuma Japón ganara el torneo Fútbol Frontier Internacional. En esta ocasión, la historia de la primera temporada de esta nueva saga se centrará en un nuevo protagonista llamado Arion Sherwind, quien llega de Okinawa para unirse al Club de fútbol del Instituto Raimon.

Sin embargo, se entera que el fútbol está siendo controlado por una organización llamada el Sector Quinto liderado por Alex Zabel quien manda a un equipo llamado los Caballeros Templarios capitaneado por Victor Blade, con el fin de acabar con el Club de fútbol de una vez por todas. Durante la historia, Arion y los demás reciben a un nuevo entrenador quien es nada mas ni nada menos que Mark Evans que con su ayuda, formarán una revolución y deberán ganar el torneo Camino Imperial para poder jugar al fútbol como se debe.