As Raimon go inside Aliea Academy, its shocking truth is revealed: Aliea Academy are human children whose abilities have been enhanced by the Aliea meteorite.Following this revelation, the battle to decide the world's fate between Raimon and The Genesis begins!

Mentre el Raimon s'endinsa a la nau de l'Acadèmia Àlius, es revela la veritat: els jugadors són humans que han augmentat les seves habilitats amb la pedra Àlius. Després d'aquesta revelació, comença la batalla entre el Raimon i el Gènesi per decidir el destí de la humanitat.

Armstong Schiller (fondatore dell'Alius Academy e padre di Lina Schiller) spiega tutta la storia alla Raimon. Inizia la partita fra Raimon e Genesis. La Genesis passa in vantaggio grazie alla Meteora Dirompente di Xavier: 1-0

富士山麓にたどりついた雷門中イレブンの目の前に、巨大な基地が現れる。そしてそこで待っていたのは意外な人物――響木監督だった。彼は、エイリア学園の黒幕の正体は瞳子監督だと告げる。驚く雷門中イレブン。全ての答えはこの中にあると、瞳子監督は彼ら基地の中へといざなう。そして、ここは吉良財閥の総帥で自分の父親、吉良星二郎の作った兵器研究施設であり、世界支配をもくろんでいるのだと語る。襲いかかってくる警備ロボを倒して進んだ先で、雷門中イレブンはさらに驚くべき事実を知らされる。なんと、エイリア学園の選手たちは宇宙人ではなく、エイリア石によって身体能力を強化されたハイソルジャーだったのだ･･････。