Raimon's victory proves to be very short lived, as only a few minutes after their win, the sky falls in. All of a sudden the earth is overrun by aliens! What will Endou and the others do about this out of this world development?

L'alegria del Raimon no dura gaire ja que, poc després d'haver guanyat el torneig, els cau el món a sobre. De sobte, els extraterrestres han envaït la Terra! Què faran, en Mark i la resta, davant aquest tomb dels esdeveniments?

Dopo la Vittoria del Football Frontier della Raimon, arrivano dal cielo dei palloni neri che colpiscono la scuola della Raimon, distruggendola. Arrivano quindi gli alieni della Alius Academy. La capolista di quel campionato è la Gemini Storm, capitanata da Jordan Greenway, che si scontrerà con la Raimon.

フットボールフロンティア全国大会を制して、ついに日本一の栄冠をつかんだ雷門中イレブンは、それぞれに喜びをかみしめていた。チームで喜びを分かち合う円堂たち、かつての仲間に優勝の報告に行く土門と一之瀬 、病床の妹を訪れる豪炎寺･･････。しかし、バスで雷門中へと戻るイレブンの目の前で、突然、校舎が爆破されてしまう。命からがら逃げ出してきた校長によると、宇宙人が攻めてきたのだという。イナズマイレブンのOBたちが倒され、瓦礫の上には、異様な風貌の少年たちが立っていた。彼らの名はエイリア学園のジェミニストーム、遠い星「エイリア」から地球にやってきた『星の使徒』であり、サッカーで彼らを倒さなければ、人類は地球上で暮らせなくなる、と告げる――。