While the pilots mourn over the devastating loss of their friend, others lament her recklessness. After a combat field test, two pilots are chosen to be a part of a fleet exploring a newly-discovered island almost exactly like their own.

消失在天空中的少女，繼續戰鬥著的少年。露出憤怒的表情是大人們，然後留下淚水的也是大人們，大家感受到的不是戰鬥中生還的喜悅，而是必須犧牲某人的無奈，光是承受這些就已經讓大家筋疲力盡…

消失在天空中的少女，继续战斗着的少年。露出愤怒的表情是大人们，然后留下泪水的也是大人们，大家感受到的不是战斗中生还的喜悦，而是必须牺牲某人的无奈，仅是承受这些就已经让大家筋疲力尽……

消失在天空中的少女，繼續戰鬥著的少年。露出憤怒的表情是大人們，然後留下淚水的也是大人們，大家感受到的不是戰鬥中生還的喜悅，而是必須犧牲某人的無奈，光是承受這些就已經讓大家筋疲力盡…

Kôyô demande à ce que les entraînements se déroulent dorénavant en situation réelle de combat, afin de mieux les préparer. Makabe accepte.

Il se voit octroyer le Mark Vier pendant que Sakura pilote le Mark Drei. Kazuki sera leur adversaire durant les exercices où les balles seront remplacées par des billes de peinture.

Mais rapidement, tout le monde comprend que les deux nouveaux sont très loin d'avoir les capacités du pilote du Mark Elf.

De retour à la base, des tests sont effectués et Chizuru Toomi convoque les parents Kasugai ainsi que Kiyomi Kaname. Les chromosomes de leurs enfants ont été modifiés par le contact avec les Fafner.

Au centre de commandement, l'état-major s'est réuni : une île identique à la leur a été découverte à 150 km de là. Si Makabe était au courant de la construction d'autres Alvis par le Projet Arcadia, on ne lui a jamais fourni d'autres renseignements...

大空の彼方、スフィンクス型を道連れに、翔子はマークゼクスで儚く散った。貴重なファフナーを失わせた少女に対する島民の反応は冷酷で、翔子の墓はペンキを撒かれ、無残に荒らされるがままに。しかし親友を失った真矢、そして翔子を想っていた甲洋の悲しみは深い。｢おまえなら助けられたはずだ、お前はファフナーに乗ってたじゃないか!｣一騎に怒りをぶつける甲洋。新国連の干渉を拒絶した史彦だが、新たなファフナー、新たなパイロットの実戦投入を急がなければならない。マークドライとマークフィアーの適合者として選ばれたのは、要咲良と甲洋だった。いきなりマークエルフ相手の模擬戦闘に挑む2人だが、熟練者の一騎にかなうはずもなく、一方的に叩きのめされる。実力差を悟り、うなだれる二人。そしてまた甲洋は、親に内緒でこっそり飼っていた犬のショコラを父の正浩に見つかり、引き取り手を探して家々をさ迷うことに。打ちひしがれた甲洋とショコラの上に、鉛色の空から冷たい雨が降り注ぐ。