A probe from the New United Nations has threatened to reveal Tatsumiya. As Alvis prepares to move the island to the northwest, students are drafted as new pilots and begin grueling training.

生命是迷茫還是歡欣，人們都有自己的答案。繼一騎後有資質的少年和少女們也開始了戰鬥訓練。沉眠中的乙姬出現覺醒的先兆，給龍宮島的未來帶來未知的變數…

生命是迷惘还是欢欣，人们都有自己的答案。继一骑后有资质的少年和少女们也开始了战斗训练。沉眠中的乙姬出现觉醒的先兆，给龙宫岛的未来带来未知的变数……

生命是迷茫還是歡欣，人們都有自己的答案。繼一騎後有資質的少年和少女們也開始了戰鬥訓練。沉眠中的乙姬出現覺醒的先兆，給龍宮島的未來帶來未知的變數…

Le conseil décide que le seul Kazuki ne pourra pas contenir les assauts répétés des Sphinx et qu'il est temsp de "recruter". Les jeunes dont le code génétique les rend compatibles avec les Fafner sont donc désignés pour rejoindre la base et y suivre un entraînement poussé.

C'est un déchirement pour de nombreux parents car les missions qui leurs seront dévolues dans un futur proche mettront leurs vies en danger.

Fumihiko Makabe, le nouveau chef depuis la mort de Seiichirô Kaname, prend également la décision de déplacer l'île...

スフィンクスとの戦闘以来、子どもたちにとっての竜宮島の日常は音を立てて変わりつつあった。作戦司令官の任を引き継いだ真壁史彦は、新国連から島の所在を隠すため、人工島の移動を決意。しかし、全島防衛の中核・ブリュンヒルデシステムは未だ覚醒しないまま……さらなるフェストムの来襲に備えて、新たなファフナーのパイロットを選出しなければならない。甲洋・咲良・剣司・衛・真矢・そして翔子……竜宮島の真の姿・移動要塞アルヴィスに迎えれられた一同。記念の写真を撮る間ももどかしく、過酷な戦闘訓練に投げ込まれていく。一方、大破した機体に代るマークエルフの整備作業に追われていた一騎は、格納庫の隅から自分を見つめる見知らぬ少女に出会う。幻のように現れては消える少女の姿を追って、アルヴィスの最深部へと導かれる一騎。そこには緋色の液体を湛えた水槽に眠る、謎の少女の姿があった。