Tatsumiya suffers more casualties when a spy sabotages the Human Army's experiments with a new Fafner model and attacks the island--disrupting a critical operation to save Soshi from the Festum.

被奪走的力量，正被奪走的希望，厄運在大家還不適應的時候再一次降臨。「總士，總士~~~」眼睜睜看著總士被祝福者帶走，一騎只能悲痛欲絕地呼喊……

被夺走的力量，正被夺走的希望，厄运在大家还不适应的时候再一次降临。“总士，总士~~~”眼睁睁看着总士被Festom带走，一骑只能悲痛欲绝地呼喊……

被奪走的力量，正被奪走的希望，厄運在大家還不適應的時候再一次降臨。「總士，總士~~~」眼睜睜看著總士被祝福者帶走，一騎只能悲痛欲絕地呼喊……

Bien que sévèrement touchés, les pilotes survivants récupèrent vite. Mais Michio, qui sent qu'il ne pourra plus piloter son robot, demande à ce qu'on lui fasse une injection, pour pouvoir monter dans un Fafner, au moins le temps de lui trouver un remplaçant.

Kazuki se voit lui échoir une difficile mission : sortir Sôshi du Système Siegfried, piégé par les tentacules du Festums, qui agissent de façon autonome.

Pendant ce temps, les Néo-Nations-Unies se préparent pour la grande offensive sur le Pôle Nord et testent leur nouveau modèle de Fafner, le Salvateur, avec Yukie Kariya aux commandes.

Mais un Festum à l'apparence humaine s'est glissée dans l'équipe pour en apprendre autant que possible sur les plans humains et les déjouer...

スカラベ型は消滅したが、竜宮島はまた衛という尊い犠牲を払うことになってしまった。敵に同化されかけた一騎も負傷し、剣司は戦闘に怯えて自室に引き籠ってしまう。史彦たちは基地内に張り巡らされた菌糸によってCDCから遮断され、ジークフリードシステム内部に閉じ込められた総士を救出するため、努力を尽くしていた。一騎は総士を救い出すため、道生は弓子と生まれてくるであろう子を守るため、ファフナーとの同化を加速する薬剤を接種されることを望む。乙姫がコアとなり、マークザインを本体としてフェストゥムの菌糸を排除し、総士を救出する試みが始まった竜宮島へ、一機の人類軍所属機が恐るべき速度で接近する。それこそ、ミツヒロの遺産であり、彼と狩谷から憎しみの感情を学んだマスター型フェストゥム・イドゥンが駆るファフナー・マークニヒトであった。