After Mahoro's final departure, the years go by for Suguru. He joins VESPER and becomes an assassin with attributes greater than any android they have ever had. He has one purpose, to hunt down and kill all Androids, especially those affiliated with the Keepers. Although that group is history, there are still some loyal to it, and Suguru disposes of them. One day, after getting quite drunk, he ends up meeting a girl who looks like Mahoro, and it turns out to really be Mahoro, as SAINT's technology, and Matthew's will has recreated her, even though it took 20 years to do so. She finally finds him, and convinces him to finally go back to Tokyo.

时间是20年后，管理者的组织已完全瓦解，地球和圣者也达成了历史性的和解，地球正式进入宇宙航海的时代。20年前的那个日子，阿优决定不再回到充满回忆的那个城市，开始了他漂泊的日子；然而就像候鸟一样，不管离家多远，终究要回到最初的那个家。就在圣者即将启航的这个时刻，身为圣者共同意识的马修，决定为孤独的阿优留下一份珍贵的礼物……

時間是20年後，管理者的組織已完全瓦解，地球和聖者也達成了歷史性的和解，地球正式進入宇宙航海的時代。20年前的那個日子，阿優決定不再回到充滿回憶的那個城市，開始了他漂泊的日子；然而就像候鳥一樣，不管離家多遠，終究要回到最初的那個家。就在聖者即將啓航的這個時刻，身為聖者共同意識的馬修，決定為孤獨的阿優留下一份珍貴的禮物……

管理者は壊滅し、地球とセイントとの間には和解が成立した。地球から中学生が修学旅行にくるような平和な星である植民星“シルヴァプラナ”。そんな星にも裏の世界が存在した。今なお闇に蠢く管理者の残党を執拗に狩り出す刺客。傷つく度に生身の身体を機械に置き換え、管理者の残党を追い続ける男。その男とは…？