Two young brothers are raised as alchemists, but when they are severely injured trying to perform a forbidden act, they begin searching for the one thing that can save them; the fabled philosopher's stone.

故事发生在一个炼金术相当发达的世界，在这个世界的“炼金术”，是以理解物质的内在的法则：理解，分解，再构造成立，进行炼金术必须按照“等价交换”法则：为了获得某种东西，需要以同等的代价交换，代价不够的话便需要以自己的任何部份（身体的一部分、记忆等等）被作为代价的填补而被拿走。爱德华·艾尔利克和他弟弟阿尔冯斯·艾尔利克十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，为了再次见到母亲，进行了炼金术中最大的禁忌——人体炼成。可是因为炼成时的反噬，阿尔则失去了全身，爱德失去了左脚，为了换回弟弟，爱德华牺牲自己的右手作为代价将弟弟的灵魂炼成，并将弟弟阿尔冯斯的灵魂固定在一副铠甲上。从此爱德华和阿尔冯斯为了取回他们所失去的一切，开始踏上了找回自己身体的旅程。爱德华失去的右臂和左腿由钢制义肢“机械铠”来替代，因此被授予“钢”的称号，故被称为“钢之炼金术师”。

エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ｢賢者の石｣を探す旅に出る。右腕と左足を鋼の義肢｢機械鎧(オートメイル)｣に変えた彼を、人は｢鋼の錬金術師｣と呼ぶ・・・。

Doi frați folosesc știința alchimiei pentru a încerca să-și reînvie mama. În schimb, aceștia declanșează o reacție chimică ce le distruge corpurile.