久住直樹は五年前の事故により、両親と共にそれ以前の記憶をなくしてしまい、今では叔父夫婦と従妹の茉理と共に暮らしている。今日から新学期という朝も、直樹は相変わらず幼なじみの保奈美に起こされて朝を迎えた。いつもの学園生活、いつもの屋上で昼寝をしていた直樹だったが、そこに突如舞い降りてきた一人の少女!? 直樹を誰かと勘違いしたまま気を失ってしまったその少女は、帰りのホームルーム時に転校生の天ヶ崎美琴として紹介される。放課後、あっけらかんとした美琴は直樹も在籍している天文部へ入部することとなった。