人類とハーディアンとの総力戦から半年が過ぎた。N.I.D.F.の仲間たちとはぐれたシュウは、砂漠の町・ルクソールでハーディアンに襲われる2人の少女・乃亜とイエラと出会う。シュウがN.I.D.F.の生き残りと聞いて驚く2人。そんな時、甲虫型のハーディアンに追われた3人は、地下遺跡へと逃げ込んで…。