Ryotaro Nogami transforms into Kamen Rider Den-O traveling to different times using the time-traveling train DenLiner to battle the Imagin monsters and preventing them from altering the past to affect the present and future.

来自未来的侵略者“异魔神”。他们想通过改变过去来改变未来。捡到谜之车票“骑士通票”的倒霉青年·野上良太郎，遭遇了跨越时空的列车“电班列”，被异魔神桃塔罗斯附体。但是良太郎，是通过附身自己的异魔神的控制，可变身为假面骑士电王的存在“特异点”。良太郎与以桃塔罗斯为首的伙伴异魔神们一边协作，一边作为守护时间运行的战士·电王展开战斗。

未来からの侵略者「イマジン」。彼らは過去を改変することで未来を変えようとしていた。謎の乗車券「ライダーパス」を拾った”運がとてつもなく悪い”青年・野上良太郎は、時を越える列車「デンライナー」と遭遇し、イマジンのモモタロスに憑依されてしまう。だが良太郎は、自分に憑りついたイマジンの制御や、仮面ライダー電王への変身が可能な存在「特異点」であった。良太郎はモモタロスをはじめとする味方のイマジンたちと協力しながら、時の運行を守る戦士・電王として戦いを繰り広げる。