"משתפים פעולה" מביא את סיפורם של סייעני מדינת ישראל הפלסטינים, מי שנחשפו, נודו מעמם ומנסים היום למצוא מחדש את הדרך לביתם, לעמם ולזהותם: בהאא, מודיע שמשתחרר מהכלא הפלסטיני ובורח לישראל על מנת לבנות למשפחתו הטרייה בית; עבד, מקור בכיר בשב"כ שלאחר שנים רבות בהן חי בישראל, הוא מחפש את דרכו חזרה לכפר הפלסטיני שאותו עזב כילד; ויונס, סייען קרקעות השוכב על ערש דווי, ומנסה ליצור למשפחתו עתיד חדש. הסיפור האישי משולב בסיפור הלאומי, בו מתפקדים הסייענים ככלי מלחמה בסכסוך הישראלי פלסטיני. את הסיפור הזה, מספרים בקולותיהם בכירי מערכת הביטחון.