Michael, whose condition is deteriorating, winds up in the hands of The Company who promise Lincoln that they can save Michael's life in exchange for a favor. Elsewhere, Gretchen and Self wind up with Scylla and a buyer.

Гретчен и Селф се оказват в притежание на Сцила ( както и потенциален купувач). Майкъл се бори с Компанията за Сцила. Махоун иска помощ от познати лица. Т-Бег продължава да държи невинни заложници.

迈可和林肯争分夺利地从格雷琴和她的新搭档那里夺回“锡拉”。格雷琴和她的新搭档也同样决心从兄弟俩那里找到丢失的那块拼图。与此同时，马宏遇到了一个老同事，让他在友情和责任之间两难，T-Bag的信念在劫持格雷琴的家人时受到了考验。

施米高和布利恒爭奪「錫拉」，西奧多的信念受到了考驗。

Michael dokáže přechytračit Selfa a Gretchen, ale jeho zdravotní stav se rapidně zhoršuje. Lincoln se setkává tváří tvář s Generálem.

Don og Gretchen, Michael og The Company leder alle efter Scylla. T-Bag, som har taget Gretchens familie som gidsler, må træffe en svær beslutning, og Michael ender i kløerne på The Company.

Terwijl zijn conditie nog steeds verslechterd belandt hij in de handen van The Company, die Lincoln beloven dat ze Michael's leven kunnen redden inruil voor een gunst. Gretchen en Self vinden een koper voor Scylla.

Don et Gretchen, Michael et le Cartel... Tout le monde est après Scylla. Quant à T-Bag, il doit décider quoi faire de la famille de Gretchen qu'il garde en otage.

Michael, dessen Zustand sich verschlechtert, landet in den Händen der Firma, die Lincoln versprechen, dass sie Michaels Leben im Austausch für einen Gefallen retten können. Anderswo enden Gretchen und Self mit Scylla und einem Käufer.

Οι Ντον, Γκρέτσεν, Μάικλ και η Εταιρεία κυνηγούν όλοι τη Σκύλλα. Ο Τι-Μπαγκ, που κρατά αιχμάλωτη την οικογένεια της Γκρέτσεν, καλείται να πάρει μια δύσκολη απόφαση.

סלף מכין לחבורה מארב במחסן בנמל ולוקח עם גרטשן את סילה. לאנג מפגישה את מהון עם וילר, סוכן שהיה כפוף לו, כדי שהוא יעביר את המידע על החברה לתובע הכללי. במבצע להשבת "סילה" מסלף מייקל חש ברע.

Michael és Lincoln megpróbálják visszaszerezni a Scyllát Selftől és Gretchentől, akik pedig a testvéreknél lévő Scylla darabot akarják megszerezni. Eközben Mahone találkozik egy régi kollégájával, aki a barátság és kötelesség között vívódik. Zsebes hűségét pedig próbára teszik, mialatt Gretchen húgát és lányát tartja fogva.

Il Generale rivuole indietro Scylla e sguinzaglia i suoi uomini per tutta la città. Don Self, resosi conto dell'incompletezza dell'oggetto da lui posseduto, decide di stanare Michael dal magazzino nel quale si nasconde, in modo da mettere le mani sul pezzo mancante da lui nascosto. I metodi utilizzati dall'agente sono esasperati: attraverso un fucile speciale spara nell'edificio dei bossoli dai quali fuoriesce del gas ma Lincoln, con il solito tempismo, lo ferma. I fuggitivi e il traditore hanno modo di confrontarsi e, quest'ultimo, propone a Michel una collaborazione, spiegandogli che c'è un compratore disposto a pagare una grossa cifra in cambio di Scylla. Il ragazzo sembra essere interessato. Alex non è scappato ma ha contattato la sua ex partner dell'FBI Felicia, la quale sta cercando di convincere Mark, il vecchio sottoposto di Alex ai tempi della caccia a Michael ed ora salito di grado, ad aiutarlo nella lotto contro la Compagnia facendolo parlare con il procuratore generale. Sucre, intanto, si è nascosto nel bagagliaio della macchina di Don Self riuscendo così a procurare a Michael l'indirizzo preciso nel quale Gretchen e l'agente si nascondono: un hotel malmesso frequentato da gente poco raccomandabile. Michael, Sara e Lincoln si recano sul luogo e preparano un agguato. T-Bag è impegnato a sorvegliare la sorella e la figlia di Gretchen, mentre si tiene costantemente in contatto telefonico con i compari; Improvvisamente, suona alla porta un venditore di Bibbie dall'aria innocua ma T-Bag riconosce un anello di dubbia provenienza al dito dell'uomo e, sospettando che possa essere qualcuno mandato dalla Compagnia, decide di bloccarlo minacciandolo con la pistola. Sucre riesce ad infiltrasi nell'hotel avendo uno scontro diretto con Gretchen, la quale proprio prima di avere la meglio, viene buttata giù dalle scale da Sara; Gretchen scappa dall'hotel dall'ingresso principale dove sono arrivati gli uomini della Compagnia che erano riusciti a stanarla riuscendo a rubare una macchina. Don Self, dopo essere scappato dalla camera a causa dello stesso gas lacrimogeno da lui usato per stanare i fuggitivi, cerca la via di fuga attraverso la scala antincendio precedentemente manomessa da Michael, il quale riesce finalmente ad impossessarsi di Scylla; Mentre fugge via stringendo il bottino tra le mani, Michael ha una nuova crisi, più violenta delle precedenti, e si accascia a terra perdendo i sensi. Don Self lo raggiunge rapidamente e s'impadronisce nuovamente dell'oggetto venendo poi recuperato da Gretchen. Alcuni uomini della Compagnia che inseguivano Don Self caricano Michael su un furgono. Don Self riesce a mettere le mani sulla parte mancante di Scylla, quella cioè che Michael aveva nascosto nel bagno del magazzino, grazie a dei visori ad ultrasuoni sparati assieme ai lacrimogeni. Ora il database è completo ed è pronto per essere venduto. Durante le trattative con l'intermediario Vikan, Don Self decide improvvisamente di sparare a costui ed ai suoi scagnozzi, in modo da eliminare ogni percentuale sulla vendita ed intascare così l'intera somma di denaro. T-Bag si fida del suo istinto ed è convinto che l'uomo che ha segregato non sia un vero venditore di Bibbie, anche se tutte le prove gli danno torto. Le parole misericordiose di Rita, la sorella di Gretchen, e la disperazione sul volto del soggetto che sta minacciando lo fanno cedere facendogli inoltre comprendere di poter essere una persona migliore; stupisce quindi la donna ordinandole di scappare assieme alla bambina e decide poi di liberare l'ostaggio che, sfortunatamente si rivela essere realmente un uomo della Compagnia che lo stordisce. Miichael si risveglia intontito in un laboratorio mentre viene sottoposto ad alcuni esami. Alex, dopo aver appreso da Lincoln del fallimento della missione, viene incastrato da Mark che non ha intenzione di metterlo in contatto con il procuratore generale ma che invece lo cattura; Alex ringrazia comunque l'agente Lang per il suo aiuto in ogni momento. Lincoln si presenta dal Generale e viene informato della possibilità che la Compagnia ha di curare superbamente Michael, a patto che lui collabori al ritrovamento di Scylla; A supporto della sua richiesta, il Generale consegna a Lincoln una cartellina denominata "Tombstone II" (Lapide II).

スキュラを完璧な形にして金に換えたいセルフはグレッチェンと組むことに。そしてマイケルが隠している最後のチップを奪おうと攻撃をしかけてくる。一度はスキュラを手にしたマイケルだったが、逃走中に頭痛に襲われセルフに再び奪われてしまう。そして、そのまま路上に倒れてしまったマイケルを組織が連れ去る。

셀프는 나머지 실라 조각을 찾다가 마이클 일행에게 잡힌다. 한편 티백이 그레첸의 가족을 인질로 잡고 있던 와중에 성경책 판매원으로 위장한 컴퍼니 요원이 찾아온다. 티백은 자신이 요원에게 잡히기 전에 그레첸의 가족을 풀어 주고 마혼은 랭과 윌러를 만나 법무부 장관을 만나려 하지만 실패한다.

Michael i Lincoln spieszą się, ponieważ chcą odzyskać Scyllę od Gretchen i jej nowego partnera. Chcą oni bowiem zabrać braciom brakującą część układanki. Tymczasem, Mahone spotyka się ze starym kolegą, który jest rozdarty pomiędzy przyjaźnią a obowiązkiem. T-Bag jest poddany próbie wiary, w trakcie przetrzymywania rodziny Gretchen jako zakładników.

Gretchen e Self conseguem o Scylla e um comprador. Michael luta ao lado da Companhia para recuperar o Scylla. Mahone pede ajuda a um conhecido. T-Bag continua mantendo algumas pessoas inocentes como reféns.

Don e Gretchen, Michael e A Companhia estão atrás de Scylla. Entretanto, T-Bag tem de tomar uma decisão difícil enquanto mantém refém a família de Gretchen.

Don și Gretchen, dar și Michael și Compania caută dispozitivul Scylla. T-Bag ține ostatică familia lui Gretchen și e nevoit să ia o decizie dificilă.

Майкл, Фернандо, Сара и Линк устраивают охоту на Гретхен и Дона и у них получается вернуть «Сциллу», но попытавшись скрыться, Скофилд падает в обморок. Селф забирает «Сциллу» и вместе с Гретхен уезжает от подоспевших агентов Компании. Которые забирают Майкла и отвозят в здание Компании. При передаче «Сциллы» Дон убивает посредников. Генерал предлагает Линкольну жизнь Скофилда в обмен на «Сциллу» — B.O.G

Don, Gretchen, Michael y la Compañia están tras Scylla. T-Bag toma como rehén a la familia de Gretchen. Michael cae en manos de la Compañia.

Alla är ute efter Scylla. T-Bag, som håller Gretchens familj som gisslan, måste ta ett svårt beslut och Michael hamnar i Bolagets våld.

ดอน เกรทเช่น ไมเคิล และเดอะคัมปานีต่างก็ตามหาซิลลา ที-แบ็กที่จับครอบครัวของเกรทเช่นเป็นตัวประกัน มีเรื่องให้ตัดสินใจลำบาก ไมเคิลก็ตกลงไปอยู่ในมือของคัมปานี

Don và Gretchen, Michael và Công ty đều theo đuổi Scylla. Ở một diễn biến khác, T-Bag phải đưa ra một quyết định khó khăn khi anh ta giữ gia đình Gretchen làm con tin.