Treize is freed by OZ soldiers loyal to him, but the trouble is only beginning. Romefeller is out to eliminate the Gundams and Treize, since they are symbols of hipe. Operation NOVA commences, and all of the Earth is in danger.

为了获得地球的权利罗菲姆财团向地球发动了“诺巴行动”，以MD比尔哥为中心的机体向地球军和特列斯派的OZ部队发起了进攻，这一行为使得地球和宇宙的战争越发激烈，ZERO、卡托鲁和希罗被OZ俘获了，所幸在特列斯派的帮助下两人逃走了而ZERO则被用于机动木偶的新系统开发。 再次被捕捉的希罗被用于机动木偶新战斗程序的开发，但战斗中的ZERO发出了奇异的光芒，被零式系统迷惑的希罗在基地中发动了无差别攻击，OZ引以为豪的的MD在希罗面前显得极其弱小，与卡托尔战斗的希罗似乎看到了莉莉娜停止了战斗，救出希罗后卡托鲁启动了梅尔库斯的自爆系统他们的目标是莉莉娜所在的地球。 活下来的博士们看着在火海中依然毫发无损的ZERO在庆幸之余似乎在ZERO身上看到了未来的希望。

Treize est en état d'arrestation mais certains de ses soldats lui demeurent loyaux mais se heurtent à la nouvelle arme de la Fondation Romefeller : les robots mobiles de type Virgo. L'opération Nara est lancée contre la Terre.

Die Stiftung will die Gundams und ihre Verbündeten vernichten, da sie das Symbol des Widerstands sind. Sie befehlen die Hinrichtung der Gundam-Piloten.

Heero e Quatre, appena tornati alla base lunare, vengono presi sotto custodia dalla fazione di OZ rimasta fedele a Treize e che sta anche proteggendo i cinque ingegneri; le forze però sono troppo impari e vengono presto costretti tutti alla resa. Trant, sottoposto di Turbarov, fa testare di nascosto a Heero il Gundam Zero, il quale aumenta enormemente le abilità reattive del pilota ma togliendone al contempo in parte la libertà di coscienza; può quindi facilmente condurre chi lo guida ad uno stato temporaneo di follia. Ma Heero, riuscendo a mantenere l'autocontrollo fugge seguito da Rarerba: la coppia abbandona la base semidistrutta e si dirige velocemente di nuovo verso la Terra.

トレーズを支持する一部の兵士たちが財団に反旗を翻した。OZを二分する内乱は地球と宇宙に広がっていく。その頃、ウイングゼロを回収した月面基地では戦闘データの調査が開始されたが……。

트레즈의 유배로 OZ 내부는 큰 변화를 맞이하고 있었다. 트레즈의 뜻을 옹호하는 젊은 군인들을 중심으로 트레즈 파와 롬펠러 재단 파로 나뉘게 된 것이다. 그리고 츠바로프는 모빌 돌 생산 라인을 완성해 트레즈 파 제거 및 재단 지배의 확립을 위해 오페레이션 노바를 발동한다.

모빌 돌을 완벽한 전사라 생각한 츠바로프는 눈엣가시인 건담 파일럿 말살을 계획하고 있었다. 그러나 트레즈 파의 군인에 의해 구출된 히이로와 카트르를 5명의 박사 곁으로 데리고 갔다. 그리고는 제로 시스템 분석에 대한 도움을 요청한다.

제로 시스템 테스트를 위해 탑승한 히이로는 시스템에 완전히 녹아들어 폭주해버린다. 이전에 제로 시스템에 지배되었던 카트르는 메리크리우스에 탑승해서 히이로를 저지한다. 싸우면 안 된다는 카트르의 비통한 외침이 히이로를 제정신으로 돌려놓는다.

Na tentativa para libertar Treize, os soldados leais a ele dão início a uma batalha contra a Fundação Romefeller. Enquanto isso, desta vez é Heero quem vai sofrer com os efeitos do sistema Zero do Gundam que Quatre pilotava descontroladamente.

Heero y Quatre son salvados por miembros de la facción de Treize y se reúnen con los ingenieros. Estos explican que el Wing Zero utiliza un sistema de combate llamado ZERO, el cual aumenta el las habilidades del piloto quitando le el libre albedrío, llevando al piloto al borde de la locura. Estos son capturados por el soldado de OZ Trant Clark. Clarck obliga a Heero a probar el sistema ZERO para reunir información. Quatre detiene a Heero antes de que, en su locura, este destruya la colonia abandonada y ambos escapan hacia la Tierra.