Bonn depicts the rise of the young West Germany, a country struggling to break free from the terrors and legacies of World War II and longing for a 'normal' life. Into this heady and volatile mix steps Toni, a young woman determined to seize every opportunity, overcome every obstacle and make her own way in what is still a very male-dominated society. But what at first appears to be only an entry-level office job at one of the country's two competing secret services soon sucks her ever deeper into a clandestine world of suspicion

Bonn - Gamle venner, nye fjender'. London, nytårsaften 1953/54 - 20-årige Toni tager sig af børnene i en velhavende London-familie, i hvis byhus hun tilbringer årsskiftet. Her kommer hun i kontakt med Lucie John og hendes mand Otto, præsidenten for Forbundskontoret for beskyttelse af forfatningen (BfV). Den tidligere modstandsmand i Graf Stauffenbergs inderkreds er imponeret over Tonis tankevækkende facon.

Bonn, 1954, am Vorabend der Wiederbewaffnung und mitten im Kalten Krieg. Dorthin kehrt die junge Toni Schmidt nach einem Sprachaufenthalt in London zurück. Tonis Vater arbeitet als erfolgreicher Bauunternehmer, während sich ihre Mutter um den Haushalt kümmert. Man genießt den neuen Wohlstand zu Zeiten des deutschen Wirtschaftswunders. Doch Toni sehnt sich nach mehr als einem Leben als Ehefrau und Mutter. Sie beginnt eine Stelle als Fremdsprachensekretärin bei der Organisation Gehlen (dem Vorgänger des BND). Im Zuge ihrer Arbeit weckt sie schnell die Aufmerksamkeit von Otto John, dem Leiter des Bundesverfassungsschutzes. John ist überzeugt, dass Tonis Chef Reinhard Gehlen Altnazis massiv unterstützt, um sie für seine Zwecke im Kampf gegen den Kommunismus zu nutzen. Kurzerhand setzt John seinen besten Mitarbeiter Wolfgang Berns auf Toni an, um sie als Spionin für seinen Nachrichtendienst anzuwerben.

Bonn przedstawia powstanie młodych Niemiec Zachodnich, kraju walczącego o uwolnienie się od terroru i spuścizny II wojny światowej oraz tęskniącego za "normalnym" życiem. W tę gorącą i niestabilną mieszankę wkracza Toni, młoda kobieta zdeterminowana, by wykorzystać każdą okazję, pokonać każdą przeszkodę i znaleźć własną drogę w społeczeństwie wciąż zdominowanym przez mężczyzn. Ale to, co początkowo wydaje się być tylko pracą biurową na poziomie podstawowym w jednej z dwóch konkurujących ze sobą tajnych służb kraju, wkrótce wciąga ją coraz głębiej w tajny świat podejrzeń