The Archangel and its allies are now humanity's last hope to prevent Durandal from carrying out his Destiny Plan. Once again, a fierce battle begins around the Requiem cannon and its relay stations, and our lead pilots meet in a final confrontation over the lunar surface. Shinn against Athrun, Kira against Rey, Archangel against Minerva... In the end, there can be only one victor.

Extended cut of SEED Destiny's series finale released as an OVA.

惨烈的战斗仍在继续，密涅瓦号受到了大天使号的近距离直击，并被无限正义高达破坏了主推进器，被迫坠落至月面。新创世纪再度发射，镇魂曲也将目标设定为奥布。万分危急的时刻，阿斯兰和穆强行突入镇魂曲内部将其破坏，基拉也开始使用流星系统重创弥赛亚要塞。　　真从昏迷中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，失去信念依托的他在露娜玛丽亚的怀里痛哭不已。基拉独身一人进入弥赛亚要塞的指挥部，在那里等待着他的正是杜朗达尔。就在持枪相向的两人以各自的理念发生激烈碰撞的时候，雷和塔丽亚也先后来到了这里。枪声响起，杜朗达尔倒了下去，然而开枪的却是被基拉的话所打动而不愿没有明天的雷……塔丽亚让基拉迅速撤出即将爆炸的弥赛亚要塞，自己则留下来陪伴杜朗达尔和雷。　　在众人的注视下，弥赛亚要塞永远地消失了；宇宙中满目间只剩下无数的残骸，仿佛在诉说着什么……

アスランはアークエンジェルの加勢に回ると、ミネルバをも撃退した。半壊したデスティニーは月面へ墜ち、航行不能となったミネルバも月への不時着を余儀なくされる。意識を取り戻したシンは子供のように泣き始め、そんな彼をルナマリアは優しく抱きしめるのだった。

同じ頃、クルーゼを名乗りながらキラに肉薄したレイも、隙を突かれて敗北していた。デスティニーとレジェンドを失ったデュランダルは、レクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させる…が、ネオとアスランの活躍によってレクイエムは火柱を上げ、最悪の事態は未然に防がれた。ミーティアを装備したストライクフリーダムが、ついにメサイアのシールドシステムを破壊。続く一斉攻撃によって、ようやくメサイアは沈黙する。駆けつけたタリアが見守る中、半壊した司令室で、銃を手に対峙するデュランダルとキラ。そして、密かにキラを狙撃しようとするレイ…。が、キラの言葉に胸打たれたレイは、反射的にデュランダルを撃ってしまう。瀕死のデュランダルに駆け寄ったタリアは、キラに脱出するよう告げると、レイを傍らに呼び寄せた。親子のように身を寄せ合う3人と共に、燃え尽き消滅するメサイア――。その光を見つめながら、生き延びた者たちは混迷の未来へと思いを馳せる。

미네르바와 데스티니, 레전드를 모두 잃게 된 듀랜달. 그는 레퀴엠을 기동시키지만 이내 네오와 아스란의 활약으로 저지당하고 만다. 마침내 메사이어의 실드를 파괴하는 데에 성공한 스트라이크 프리덤. 반파된 사령실 안, 그들의 마지막 대치가 시작된다.