After Subaru recovered from her injuries, she moved onto the plan for Mach Caliber to be powered-up in order to endure her cyborg power. At that time, Scaglietti and his comrades are working on the next step of plan involving power of Vivio. It is also shown that Ginga has become No.13 somehow.

维斯在恐怖活动中被击昏后，阿露特替他驾驶直升飞机。璐基诺负责舰船“阿斯拉”的掌舵。机动六科现在的任务是搜索圣遗晶石和解救银河及薇薇欧，但目前没有进展。地面总部的兵器“战魂”受到战斗机人的破坏。艾克斯督察官和沙赫发现了斯卡利艾迪的老巢，并与拓发者发生激战。艾克斯督察官趁着激战向机动六科通报。乌诺将薇薇欧放入王座后，“圣王摇篮”开始驱动起来……

機動六課以船艦阿斯拉為根據地。

序印者前往攻擊備戰中的六課,這便是英靈戰士襲擊事件。

此時現身的「13號」戰鬥機人, 以及斯卡利艾迪喚醒的那惡夢般的科技………………。

艦船アースラを本拠地とした機動六課。戦いに備える一同の元に飛び込んでくる、ナンバーズによるアインヘリアル襲撃事件。そこにいた「１３番目」の戦闘機人。そして、スカリエッティが蘇らせた悪夢の叡智とは……。