主角高町奈叶是个平凡的小学三年级女生，与好友在如同日常作息的前往补习途中，发现了从异世界米德其路达来的雪貂尤诺·斯克莱亚。他利用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的理由是为了回收他所挖掘到的太古遗产（平行次元中的高度文明的遗产）“圣石之种”。奈叶为了保护可能因为圣石之种暴走被破坏的城镇，决定代替尤诺出面回收。不料，这却只是一连串事件的开端。他们遇见，与他们一样目的，因为回收圣石之种而出现的谜样金发少女魔导师到底是……

她曾經是一位普通的小學三年級女孩，名叫高町奈葉。然而，有一天，她遇見了一隻神奇的雪貂—尤諾，以及他所擁有的魔法法器「烈日之心」，這次相遇將她捲入成為魔法少女的命運中。在圍繞著危險的古代遺產「聖石之種」的爭鬥中，她遇到了來自異世界的少女，菲特·泰斯塔羅薩，以及時空管理局介入的事件，情勢急轉直下，她走向了每天都充滿戰鬥的生活。奈葉被菲特所承受的悲慘命運所吸引，她渴望與同樣孤獨的菲特分享悲傷。「我想成為朋友」，為了傳達這份心願，奈葉掌握了自己所得的魔法，選擇與菲特一起面對命運的戰鬥——。

平凡な小学三年生だった女の子、高町なのは。だが、ある日出会った不思議なフェレット・ユーノと、彼が持っていた魔法のデバイス・レイジングハートとの出会いで、魔法少女としての運命に巻き込まれてしまう。危険な古代遺産｢ジュエルシード｣を巡って争うことになる異世界の少女、フェイト・テスタロッサとの出会いや次元世界を管理する時空管理局の介入から事態は激しさを増し、戦いの日々へとなのはは向かい合ってゆく。悲しい運命を背負ったフェイトにひかれ、同じ寂しさを分かち合いたいと願ったなのは。｢友達に、なりたいんだ｣思いを届けるため、なのはは自らが得た魔法を手に、フェイトと、運命との戦いを選んだ―――。