Entinen liittoutuneiden joukkojen sotilas, Cullen Bohannon suuntaa kohti länttä Union Pacific Railroad –junaradan rakennushankkeen edetessä. Varmistettuaan työpaikat urakan johdossa, Cullen ja Elam Ferguson ryhtyvät hommiin kohdaten uhkatilanteet, hyökkäykset ja tapaturmat. Toisaalla, Thomas ’Doc’ Durant pyrkii saamaan valta-asemansa takaisin junarataprojektin johtajana.

Cullen Bohannon convainc les actionnaires de l'Union Pacific Railroad de reprendre la tête des opérations après l'incarcération de Durant. Le chantier progresse de nouveau vers la côte Ouest, mais doit inévitablement passer sur les terres d'une ferme de mormon qui refuse de partir. Au même moment, Louise Ellison, une journaliste de New York, débarque pour raconter le quotidien des travailleurs ; et un ennemi que tout le monde croyait mort refait surface...

Der Bau der Eisenbahn droht, aufgrund finanzieller Probleme ins Stocken zu geraten. Durant (Colm Meaney) muss eine Lösung finden, bevor Cullen (Anson Mount) die Leitung übernimmt. Dieser hat wiederum die Gunst von Ulysses S. Grant (Victor Slezak) auf seiner Seite. Darüber hinaus gelingt es ihm mit Elam (Common), den Indianerstamm davon zu überzeugen, frisches Holz für die Bauarbeiten nachzuliefern. Aus der Affäre mit Toole (Duncan Ollerenshaw) hat Eva (Robin McLeavy) eine Tochter. Mittlerweile hat sich Toole jedoch umgebracht und Eva ist mit Elam zusammen, der das Kind annimmt, als wäre es sein eigenes. Doch Declan (Damian O’Hare), der Vater des Selbstmörders, will das Mädchen mit sich nehmen, um ihm ein besseres Leben zu ermöglichen. Hadernd trennt sich Eva von ihrer Tochter, was ihre Beziehung mit Elam erschüttert.

La tercera temporada de Hell on Wheels comenzó el 10 de Agosto de 2013 y finalizó el 5 de Octubre 2013 con un total de 10 episodios.