Shunta Mogami loves the Battle Spirits game. One day he is transported by a light from a Battle Spirits card to Spirits World, the origin of all Battle Spirits. He meets a girl named Eto, who claims to have summoned him to Spirits World in order to prevent its destruction at the hands of the revived Evil God-King, who once plotted the destruction of Spirits World before being defeated and sealed away. Together with the confident, green-deck-wielding Yoku Albatrosa, who also came from another world, Shunta sets out to find the twelve God-Kings whose power originally sealed the Evil God-King.

ここはソウルコアで出来た異世界スピリッツワールド。全てのバトルスピリッツの始まりの世界。かつてソウルコアの力を自分のものにしようとする邪神皇なる悪しき者によってこの世界は崩壊の危機に晒されるも、当時の勇者たちが十二神皇スピリットの力をもってその邪神皇を封印した。

力を使い切った十二神皇スピリットたちはどこかで眠りにつき、平和な時代は長く続いてきた。しかし、巫女の少女・エトは、とある目的のために邪神皇の復活をもくろむタツミたち率いる勢力「暗黒バトラー」の存在を知る。邪神皇の復活を防ぎ平和を守るためには、かつてのように「勇者たち」を集めなければならない。

エトは祈りによって十二神皇スピリットの力を借りて十二神皇スピリットに選ばれた別世界の少年・茂上駿太やヨク・アルバトロサをスピリッツワールドに導き、彼らと共に十二神皇を集め、邪神皇復活阻止のために冒険に出た。

駿太たちは、暗黒バトラーたちと十二神皇スピリットの争奪をかけて戦いを繰り広げる。戦況がうごめく中、暗黒バトラーたちは巫女シシの導きの元、駿太のライバルであった大牙 和巳を召喚、バトルはより苛烈になっていく。

和巳は惨敗を繰り返して力を求め、何かを企むシシの誘いに乗ってソウルコアを破壊するスピリッツワールド禁断の力アルティメットを手に入れる。シシの陰謀は水面下で進行し、和巳やタツミたちの活躍で十二神皇は暗黒バトラーのもとに集結。タツミは十二神皇の力で邪神皇を支配し、スピリッツワールドに繁栄をもたらすことを願っていたが、それらは全てシシの戯言であり、支配は失敗し邪神皇は復活。

シシの正体は邪神皇の分身であり、和巳を傀儡にして世界の支配を目論む。駿太とヨクは和巳に勝負を挑み、勝利。邪神皇は再び封印され、世界に平和が戻るのだった。