緒方洪庵の適塾で蘭（らん）学を学び、将来を嘱望されながら故郷で村医者を継いだ村田蔵六。嘉永６年（１８５３）、黒船来航という大事件が一介の村医者の人生を変えます。蔵六は宇和島藩から軍艦作りを依頼され兵書を翻訳、兵術に精通していきます。一方、長州の革命思想の源となる吉田松陰も時代に翻弄（ろう）されていました。蔵六とシーボルトの娘イネとの出会いやお琴との結婚、松陰が安政の大獄で処刑されるまでを描きます。