Prof. MUDr. Jan Bartoníček je ortoped zabývající se anatomií pohybového aparátu. Zaměřuje se na zlomeniny v oblasti kyčelního kloubu, poranění nohy, hlezenního kloubu a poranění lopatky. Je autorem monografie věnované anatomii velkých kloubů, jež slouží jako základní učebnice českých a slovenských ortopedů a je jedním z pilířů jeho pedagogické činnosti. Je rovněž organizátorem odborného života, sympozií a kongresů.