Higeoyaji is relaxing at home when suddenly a mysterious ship from the future crashes through his front door, the work of Dr. Time.

未来から来たその少年は、太古の生物を捕獲に向かったまま戻らない父親を捜していた。アトムたちはその父親を捜すため、大昔の世界へと旅立つことになる。