故事以上元节将军府内的一场大火为开端，此后民间不断有奇怪的命案发生，死者均为自残致死，且案发现场都有用鲜血写下的六个大字“废仪后，立新皇”，一时间流言四起。武则天指派大理寺卿狄仁杰五天内查清案件真相，宋公公不满大理寺独得天后信赖，特派自己的义女神羽府柳依依协助狄仁杰一同查案。

在调查案件的过程中，狄仁杰与柳依依暗自较量，互相提防，形影相随的两个人共同经历了重重困难，在互相协作的过程中培养了独有的默契，感情也逐渐升温。随着两人的深入调查，案件的脉络逐渐清晰了起来，带斗篷的神秘人、来自南疆的银魂囹、竹林中传出的笛声以及宫中禁地藏着的秘密，种种线索交织在一起，勾结成一张巨大的阴谋之网，幕后主使的真面目也即将浮出水面.......