横浜中が戦場と化す中、魔法科高校の生徒たちはテロリストを相手に奮戦。十師族としての務めを果たさんと、十文字は魔法協会支部へ向かい、将輝は義勇軍に参加する。達也を独立魔装大隊に送り出した深雪は、真由美や一般市民とともに避難するが、直立戦車にシェルターへつながる入り口を破壊されてしまう。脱出用ヘリが到着するまでの間、人々をテロリストから守るべく、深雪たちは二手にわかれて撃退に乗り出す。